进行中
核心算法与模型
开发和优化面向科学计算的 AI 模型，包括分子动力学模拟、蛋白质结构预测、气候数据分析等方向的基础算法库。
AI for Science · Open Collaboration
用人工智能
加速科学发现
AI4S-YB 是一个扎根崖州湾的开源科研协作项目。我们相信，当 AI 与科学深度结合， 每一次计算都可能成为下一个突破的起点。
01
什么是 AI for Science
AI for Science（AI4S）是一种全新的科研范式：用机器学习、深度学习和大规模计算， 去理解和预测那些传统方法难以攻克的科学问题。
从蛋白质结构预测到气候模拟，从药物发现到材料设计，AI 正在成为科学家手中最强大的工具之一。 它不是替代科学，而是让科学家站得更高、看得更远。
科学发现加速
将传统需要数年的实验探索压缩到数周，让假设生成与验证进入快车道。
跨学科融合
打破物理、化学、生物、材料之间的壁垒，让数据和模型在学科之间自由流动。
开放协作
科学的进步需要共享。开源代码、开放数据、透明流程，让全球研究者共同受益。
02
关于崖州湾 AI4S 项目
崖州湾科技城坐落于海南三亚，是中国面向深海、深空与南繁育种的国家级科创高地。 AI4S-YB 项目正是在这片热土上生长出来的开源科研协作计划。
我们汇聚来自高校、科研院所与产业界的力量，围绕崖州湾的核心科研方向， 探索 AI 如何真正落地到科学研究的每一个环节——从数据采集到模型训练， 从实验设计到成果验证。
这不是一个封闭的实验室项目，而是一个向所有人开放的协作平台。 无论你是资深研究者还是刚入门的学生，都能在这里找到可以参与的方向。
03
我们正在做什么
以下是当前仓库中正在推进的几个核心方向。每个方向都有明确的目标和可参与的任务。
进行中
数据集与基准测试
整理、清洗并开放科研数据集，建立标准化的基准测试流程，让研究成果可复现、可比较、可迭代。
进行中
文档与教程体系
从零开始搭建完整的文档体系，包括快速上手指南、API 文档、研究笔记和实验复现教程，降低参与门槛。
规划中
可视化与 Demo
构建交互式的可视化工具和在线 Demo，让非技术背景的研究者也能直观地理解模型能力和实验结果。
04
当前仓库目录
这里汇总了 AI4S-YB 组织当前公开的主要仓库，方便新访客快速理解每个项目的定位、技术栈与使用入口。
我们把组织仓库分成三类：面向科研场景的核心项目、可直接复用的工具链，以及支撑协作流程的基础设施。
如果你刚开始了解 AI4S-YB，建议先看 scAgent、pineapplehub、 tune 和 citebox。它们最能代表我们当前在 AI for Science、科研工具和开源协作上的实际产出。
13公开仓库
4核心项目
7+技术方向
核心项目Rust
pineapplehub
基于纯 Rust 和 WASM 的菠萝果实品质测量应用，面向农业表型分析与轻量化部署场景。
核心项目Go
scAgent
面向生物学研究者的无代码单细胞分析工具，强调把 LLM Agent 与 scRNA-seq 分析流程结合起来。
核心项目Python
tune
围绕模型调参与实验迭代的 Python 项目，适合承载算法试验、评估脚本与参数搜索流程。
核心项目Go + SQLite
citebox
轻量自托管论文管理工具，支持 PDF 论文整理、图像提取、分组与标签化，适合科研资料管理。
工具链TypeScript
deadline
用于处理时间节点与任务推进的 TypeScript 工具仓库，可作为研究项目节奏管理的基础模块。
算法重实现Java
cpc2-java
CPC2 的 Java 重实现，适合在 Java 生态中复用经典生物信息学算法。
算法重实现Rust
cpc2-rs
CPC2 的 Rust 版本实现，面向更高性能、更轻量的生信工具链集成场景。
组织站点HTML
AI4S-YB
当前 GitHub Pages 站点源码仓库，用于承载组织主页、导航结构与对外展示内容。
基础设施Org
.github
组织级配置仓库，可集中维护默认文档、社区规范和协作入口，是开源流程的基础设施层。
技能工具Shell
getpubreseq
一个用于自动抓取 NCBI 重测序相关数据的轻量 skill/脚本仓库，强调快速拿到可用数据源。
科研助手Python
bioinfo_lackey
面向生物信息学日常工作的 Python 助手型仓库，适合沉淀零散但高频的分析脚本与自动化能力。
流程工具Java
minimap2IR
用于在特定基因组中检测 IR 区域的简洁流程工具，适合叶绿体或相关结构分析任务。
算法重实现Java
MCScanX-Java
MCScanX 的 Java 重实现项目，预计承载共线性分析工具的现代化移植与后续扩展。
05
加入我们
无论你擅长什么，这里都有你可以贡献的方向。科学不应该有门槛，协作不应该有围墙。